No retorno do Exílio, os judeus recusaram a participação dos samaritanos com eles no culto em Jerusalém, e estes últimos separaram-se de toda comunhão com eles e construíram para si um templo no Monte Gerizim. Este templo foi arrasado ao solo mais de cem anos a.C. Então, instituiu-se um sistema de culto semelhante ao do templo em Jerusalém. Ele foi fundado na Lei, cujas cópias haviam sido multiplicadas tanto em Israel quanto em Judá. Assim, o Pentateuco foi preservado entre os samaritanos, embora eles jamais o chamassem por este nome, mas sempre de "a Lei", a qual liam como um único livro. A divisão em cinco livros, como a temos agora, porém, foi adotada pelos samaritanos, assim como foi pelos judeus, em todas as cópias sacerdotais da "Lei", por conveniência. Esta foi a única parte do Antigo Testamento que foi aceita pelos samaritanos como de autoridade divina.
A forma das letras nas cópias manuscritas do Pentateuco Samaritano é diferente daquelas das cópias hebraicas, e é provavelmente a mesma que estava em uso geral antes do Cativeiro. Há outras peculiaridades na escrita que não precisam ser aqui especificadas.
Existem diferenças importantes entre as cópias hebraica e samaritana do Pentateuco nas leituras de muitas sentenças. Em cerca de duas mil instâncias nas quais os textos samaritano e judeu divergem, a LXX concorda com o primeiro. O Novo Testamento também, ao citar o Antigo Testamento, concorda, via de regra, com o texto samaritano, onde este difere do judeu. Assim, Êx. 12:40 no samaritano lê-se: "Ora, a permanência dos filhos de Israel e de seus pais, que habitaram na terra de Canaã e no Egito, foi de quatrocentos e trinta anos" (comp. Gál. 3:17). Pode-se notar que a LXX possui a mesma leitura deste texto.